Ο κορωνοϊός είναι πιθανό να διαταράξει το μικροβίωμα του εντέρου, οδηγώντας σε μείωση των «καλών» μικροβίων που καταστέλλουν τη φλεγμονή και σε αύξηση των «κακών» που την προκαλούν.