Ο Χρήστος Παπαϊωάννου εργάστηκε στο Σεισμολογικό Σταθμό του ΑΠΘ (1988-1995) και από το 1995 ως ερευνητής στο Ινστιτούτο Τεχνικής Σεισμολογίας & Αντισεισμικών Κατασκευών (ΙΤΣΑΚ) στη Θεσσαλονίκη